Il est très difficile et coûteux de dénombrer une espèce aussi  rare et discrète sur un vaste territoire boisé et accidenté comme les Pyrénées : c’est pourquoi, hormis les observations directes (individus, traces ou excréments), des techniques de dénombrement indirectes ont été mises en place. Les plus fréquemment utilisées sont :

Le bouquetin ibérique, Capra pyrenaica, a été chassé par les hommes préhistoriques sur la quasi-totalité de la péninsule ibérique : les fouilles effectuées sur les sites paléontologiques en témoignent. Cependant, la sous-espèce Capra pyrenaica pyrenaica qui peuplait les Pyrénées avait définitivement disparu en 1999 avec la mort des derniers exemplaires à Ordesa.